研究认为基因影响人体微生物群落组成

利用来自宏基因组测序研究的人类读长,研究人员开始研究宿主遗传学如何影响人体表面及体内的微生物群落.
该领域研究者、康奈尔大学的Ran Blekhman解释说,由于环境因子被认为在人体表面和体内的细菌类型及丰富度上发挥着影响作用,故而由人类基因启动的宿主-微生物间互作被认为同样会影响这些群体.其他技术讲座，知识讲座，知识讲座视频
由于人体微生物组的组成似乎与一些慢性疾病（包括炎症性肠病、肥胖、糖尿病）相关,故此类相互作用尤其令研究人员感兴趣.
Blekhman说,随着对宿主遗传学与疾病间关系、微生物群落与疾病间关系的研究,研究人员现在开始更深入地研究宿主基因与这些人体微生物群落相关联的方式.
为了研究更多细节,Blekhman和同事利用到了人类微生物组项目中100位左右志愿者的18个身体部位上所产生的测序数据.
来自各个身体部位的样本被分组成5个“超级部位”组,利用宏基因组鸟枪法测序对这些样本进行试验,以了解哪种细菌在相应的微生物群落中出现并处于优势地位.
不过研究人员最初并没有利用那些在研究影响个体微生物组的宿主基因及路径中所必须的遗传信息.因为实际上在对这些部位的细菌DNA进行测序时,这些微生物组样本中的宿主DNA也被进行了测序,从而避免了该问题.
在对这些“人类污染”读长进行质量控制,并依人类参考基因组进行作图后,研究团队有了足够的序列完成10倍深度的人类基因组覆盖.有了这些信息,则有可能找到可用于与微生物组特征相关的全基因组关联研究的变异.
利用在人类序列数据中超过400万个SNP,研究人员开展相关性分析,以在基因组中寻找与其中15个人体部位样本上551个微生物组特征相关的部位. 细胞学技术讲座，知识讲座视频 ，http://v.bio1000.com/list-111.html细胞学技术讲座视频
尽管样本相对较小,但研究团队还是找到了几十个表现出与微生物组特征（包括先前研究中所表明的一些与胆固醇及血糖水平、肥胖、克罗恩氏病或其他复杂疾病）具显著全基因组关联性的信号.
例如,在II型糖尿病相关基因PCSK2中及附近的信号与肠道中Bacteroides 属细菌的水平有关,而与炎症及自免疫疾病相关的CXCL12基因则表现出与皮肤上Granulicatella 属细菌水平相关.
更为普遍地说,该研究团队所分析的许多基因属于涉及诸如免疫感染、炎症、及细胞间互作等进程的路径.
总的来说,此类发现“凸现了宿主-细菌互作相关的复杂分子机制、宿主遗传变异对这些互作的影响方式、以及微生物组对复杂人类疾病易感性的可能影响.”Blekhman和同事如此表示.http://v.bio1000.com/list-112.htmlhttp://v.bio1000.com/list-111.html